Năm 806, hoàng tử Kamino lên làm Thái tử ở tuổi 21, lúc đó người anh cả là Thiên hoàng Bình Thành vừa lên ngôi được vài tháng.

Ngày 17/6/809[8], Thiên hoàng Bình Thành ngã bệnh và thoái vị. Kamino lên ngôi, lấy hiệu Thiên hoàng Saga. Ông dùng lại niên hiệu cũ của anh mình, đặt làm niên hiệu Daido nguyên niên.

Năm 810, Thiên hoàng Saga đặt ra chức quan mới là kurôdo no to (tàng nhân đầu) để trông coi những việc cơ mật trong cung. Trước sau ông đã cử Fujiwara no Fuyutsugu và Kose no Notari vào địa vị trọng yếu ấy. Ông lại đặt ra chức Kebiishi (kiểm phi vi sứ = kẻ kiểm soát việc phạm pháp) như trách nhiệm cảnh sát công an để giữ an ninh và bảo vệ luật pháp trong vùng kinh đô.Những quan chức bổ nhiệm theo các quy định mới sau thời ritsuryô (luật lệnh) này được gọi là ryôge no kan hay "quan ngoài lệnh".

Giữa năm 810, bà Fujiwara no Kusuko (Đằng Nguyên Dược Tử), một nữ quan được Thái thượng hoàng Heizei sủng ái, đã mưu với người anh là Fujiwara no Nakanari (Đằng Nguyên Trọng Thành) làm cuộc đảo chánh, cướp chính quyền từ người nối ngôi ông là Thiên hoàng Saga để phục vị cho Heizei.Sau thất bại, Kusuko uống thuốc độc tự sát còn Nakanari bị quân đội trung thành với vương thất sát hại[9].

Cũng trong thời Saga, nhà nước cho sưu tập những điều lệnh rời rạc rồi thống nhất chúng và biên soạn một quyển sách có tên là Ryô no gige (Lệnh nghĩa giải) để thuyết minh. Quyển Ryô no gige nói trên - sách chú thích luật lệ của nhà nước (quan soạn) - đã do một người tên là Kiyohara no Hatsuno (Thanh Nguyên Hạ Dã) viết ra. Ngoài ra còn có loại sách chú thích có tính cách tư nhân (tư soạn) như Ryô no shuuge (Lệnh tập giải). Sách này ra đời chậm hơn (hậu bán thế kỷ thứ 9), tác giả là Koremune no Naomoto (Duy Tông Trực Bản).

Với người dân Nhật, Thiên hoàng ra sắc lệnh cấm tiêu thụ thịt trừ cá và các loài chim và bãi bỏ hình phạt tử hình trong năm 818. Đây vẫn là thói quen ăn uống của Nhật Bản tồn tại đến sự ra đời của chế độ ăn uống hải châu Âu trong thế kỷ XIX.

Thiên hoàng Saga đóng một vai trò quan trọng như là một người ủng hộ mạnh mẽ Phật giáo. Ông cho phép đại sư Kukai thành lập phái Phật giáo Shingon bằng cách cấp cho ông ngôi chùa Toji ở thủ đô Heian-kyō (hiện nay là Kyoto). Ngoài ra ông cũng là một nhà thư pháp nổi tiếng. Ông cùng với sư Kukai, đại thần Tachibana no Hayanari đều viết chữ đẹp, được người đời xưng tụng là sanpitsu (tam bút).

Ngày 23/5/823 (cuối niên hiệu Konin, 810 - 823), Thiên hoàng Saga thoái vị, nhường ngôi cho em trai là Thiên hoàng Junna. Ông mất ngày 24/8/842 (niên hiệu Jowa thứ 9, ngày 15 tháng 7), thọ 57 tuổi[10].